近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數(shù)據(jù)中心合作開發(fā)的空間轉錄組綜合資源存儲庫（CROST）正式上線，該研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”為題在國際學術期刊Nucleic Acid Research在線發(fā)表。
空間轉錄組測序技術的發(fā)展徹底改變了我們對復雜組織的理解，推動生命和健康科學進入空間組學時代�？臻g轉錄組數(shù)據(jù)的激增急需一個用戶友好的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)，以便于輕松訪問數(shù)據(jù)，并進行可視化和個性化分析。為此，鮑一明研究團隊和方向東研究團隊開發(fā)了CROST資源庫，為研究人員提供了一個較為完善的空間轉錄組資源系統(tǒng)。
CROST應用標準化處理流程整合了182個高質量的空間轉錄組數(shù)據(jù)集，涵蓋8個不同物種、35種組織類型和56種疾病的1033個子數(shù)據(jù)集。針對單個樣本提供了全面的生物信息分析，包括空間變異基因（SVG）分析、細胞類型注釋、空間相關性、空間共定位、通訊分析和功能注釋等。CROST通過集成空間轉錄組、經典轉錄組、表觀基因組和基因組的數(shù)據(jù)全面闡明了腫瘤相關SVG，是用戶（尤其是臨床醫(yī)生）快速評估特定癌癥類型中基因表達水平、甲基化水平、拷貝數(shù)變異以及預后的寶貴工具。此外，數(shù)據(jù)庫提供了一個用于可視化、空間通訊、空間共定位和細胞類型相關性的交互式環(huán)境。CROST還開發(fā)了一個專為空間轉錄組分析而設計的一站式分析平臺，旨在幫助用戶即使不具備任何編程技能也可進行空間轉錄組分析。
作為空間轉錄組的綜合資源存儲庫，CROST在整合來自不同物種、組織和疾病的空間轉錄組數(shù)據(jù)方面發(fā)揮著關鍵作用，通過其全面的空間轉錄組分析能力，CROST將為研究人員提供對組織結構、器官發(fā)育和疾病發(fā)生的深層次理解，促進研究人員揭示空間基因表達模式的復雜性，增進對生物系統(tǒng)的認識，從而推動空間轉錄組學領域的重大突破。
北京基因組研究所（國家生物信息中心）博士研究生王國梁、吳松和福州大學副教授熊壯為本文共同第一作者，北京基因組研究所（國家生物信息中心）渠鴻竹副研究員、方向東研究員和鮑一明研究員為共同通訊作者。該研究得到國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金項目、IUBS 開放生物多樣性和健康大數(shù)據(jù)計劃等項目資助。
CROST內容概要
（原標題：北京基因組所（國家生物信息中心）發(fā)布空間轉錄組綜合資源存儲庫CROST）
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