實(shí)驗(yàn)室/課題組簡介
開展人工智能超級(jí)計(jì)算精準(zhǔn)藥物發(fā)現(xiàn)研究,把最新的人工智能工具用于預(yù)測(cè)藥物-靶標(biāo)相互作用,疫苗靶向設(shè)計(jì)以及藥物篩選(Nature MI),重定位和全新設(shè)計(jì)實(shí)踐之中。開發(fā)了AI藥物發(fā)現(xiàn)軟件SAMM,把深度學(xué)習(xí)等非線性方法開發(fā)了統(tǒng)計(jì)預(yù)測(cè)模型以及基于web的軟件工具并應(yīng)用到藥物構(gòu)效關(guān)系,藥物代謝以及毒理和基因表型相關(guān)性的研究中,開發(fā)ADMET在線預(yù)測(cè)平臺(tái),并將其應(yīng)用到各種典型體系。通過超大規(guī)模的高性能計(jì)算和虛擬篩選,我們發(fā)現(xiàn)花椒有效成分WGX-50具有極強(qiáng)的抗炎癥和抗氧化作用,再抗衰老產(chǎn)品開發(fā)中得到了很好的應(yīng)用。開展新冠的生物信息學(xué)研究,發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)中藥有效成分具有抗新型冠狀病毒作用,篩選出了一個(gè)新冠病毒的有效多肽抑制劑——人腸防御素5。通過掩蔽受體,人血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(ACE2)抑制新冠病毒突刺蛋白對(duì)人黏膜細(xì)胞的侵襲,從而阻斷新冠病毒傳染途徑,論文發(fā)表在Gastroenterology之上,它解釋了為何病毒不通過消化系統(tǒng)傳染。被“Faculty Opinions”選作推薦論文,并由德國基爾大學(xué)的免疫學(xué)專家Jens-Michael Schröder 教授進(jìn)行點(diǎn)評(píng),評(píng)論指出了該項(xiàng)工作給預(yù)防或治療新冠肺炎提供全新途徑—既可以使用HD5作為治療藥物,也可以通過刺激內(nèi)源性HD5的合成來預(yù)防或治療。為此,魏冬青被評(píng)為上海市微生物學(xué)會(huì)抗疫突出貢獻(xiàn)優(yōu)秀會(huì)員。
PI簡介
魏冬青,上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院長聘教授,皇家化學(xué)學(xué)會(huì)會(huì)士,長期從事生物信息學(xué)、人工智能輔助藥物設(shè)計(jì)的研究工作,再交叉學(xué)科諸多領(lǐng)域做出了開拓性的工作,特別是首次從理論上證明了特別液晶的存在,首次揭示爆炸微觀反應(yīng)機(jī)理以及發(fā)現(xiàn)并驗(yàn)證了花椒素的抗衰老作用。在Gastroenterology、JACS、Physical Review Letters、Briefings in Bioinformatics、Journal of Chemical Theory and Computation等國際期刊發(fā)表了學(xué)術(shù)論文600多篇,主編專著12本,累計(jì)引用超1萬3千多次,H-index63;H10-index252。開發(fā)了多款數(shù)據(jù)庫、深度學(xué)習(xí)、分子模擬和藥物設(shè)計(jì)軟件,獲軟件著作權(quán)近20項(xiàng);獲得上海市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng),中華醫(yī)學(xué)二等獎(jiǎng),中國計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)自然科學(xué)二等獎(jiǎng)等;擔(dān)任Springer期刊“Interdisciplinary Sciences–Computational Life Sciences”(交叉科學(xué)–計(jì)算生命科學(xué))主編、現(xiàn)代計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(CCADD)主編,中國衛(wèi)生信息學(xué)會(huì)大數(shù)據(jù)應(yīng)用評(píng)估與保障專業(yè)委員會(huì)副主委,生物工程學(xué)會(huì)生物信息專委會(huì)副主委。
應(yīng)聘條件
2、近三年內(nèi)在國內(nèi)外獲得博士學(xué)位,年齡35周歲以下;生物信息學(xué),計(jì)算生物學(xué)、計(jì)算機(jī),數(shù)據(jù)科學(xué)等相關(guān)專業(yè);
3、具有Python,Perl或者R等編程基礎(chǔ),具備一定的數(shù)據(jù)建模及機(jī)器學(xué)習(xí)(深度學(xué)習(xí))建模技能,有人工智能項(xiàng)目開發(fā)經(jīng)驗(yàn)者優(yōu)先。
4、有志從事人工智能藥物開發(fā)研究;具備創(chuàng)新精神、獨(dú)立工作能力和團(tuán)隊(duì)協(xié)作精神;具有良好的英文寫作與溝通能力;以第一作者的身份發(fā)表SCI研究論文至少1篇(其中一篇影響因子大于3.0)。
崗位職責(zé)
1、人工智能抗COVID-19藥物與疫苗設(shè)計(jì)
2、抗衰老實(shí)驗(yàn)研究
3、深度學(xué)習(xí)在計(jì)算生物學(xué)中的應(yīng)用
4、蛋白機(jī)器的計(jì)算機(jī)模擬
崗位待遇
1、年薪不低于24萬元(按上海交通大學(xué)博士后相關(guān)規(guī)定執(zhí)行);
2、實(shí)驗(yàn)室提供良好的科研條件(計(jì)算資源)和充足穩(wěn)定的經(jīng)費(fèi)支持,支持博士后在站期間申報(bào)各項(xiàng)研究項(xiàng)目,如“博士后創(chuàng)新人才支持計(jì)劃”、“上海市超級(jí)博士后計(jì)劃”、“國家自然科學(xué)基金青年項(xiàng)目”、“中國博士后科學(xué)基金”等,獲資助者享受相關(guān)待遇(薪酬大幅度提升);
3、按照上海市和上海交通大學(xué)博士后相關(guān)政策享受待遇(落戶、博士后公寓、五險(xiǎn)一金等,詳見網(wǎng)站https://postd.sjtu.edu.cn/)。
4、博士后首聘期為2年。上海交通大學(xué)為優(yōu)秀博士后提供專有晉升通道。條件優(yōu)秀者出站后可直接申請(qǐng)上海交通大學(xué)長聘教軌與研究系列教師。
聯(lián)系方式
請(qǐng)申請(qǐng)者將個(gè)人簡歷、代表性論文全文、博士論文中文摘要、研究工作經(jīng)歷和至少兩位推薦人的姓名,并簡要說明申請(qǐng)理由,將聯(lián)系方式發(fā)送至dqwei@sjtu.edu.cn(郵件標(biāo)題注明:應(yīng)聘某某崗位+本人姓名 )。
聯(lián)系人:魏冬青教授
聯(lián)系地址:上海市閔行區(qū)東川路800號(hào)上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院
網(wǎng)址:http://tacc2008.sjtu.edu.cn/
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