一、團隊介紹
中國農業(yè)科學院（深圳）農業(yè)基因組研究所（簡稱“基因組所”）程時鋒團隊主要從事植物比較進化基因組學、作物群體遺傳學、及關鍵性狀遺傳解析等研究工作。發(fā)起和主持全球“谷-豆”基因組國際聯(lián)盟協(xié)助組（http://www.g3rp.com/），并建立以“小麥”和“豌豆”為標桿的禾本科及豆科模式研究對象。在圍繞“植物是如何獲得新性狀及其遺傳演化分子機制解析”這一科學問題中，從物種水平(Phylogenomics)、群體水平(Population Genetics)、以及關鍵表型性狀的泛組學等不同時空維度的策略中展開研究工作，建立起了植物trait-based的進化基因組學研究方法、作物群體gene-trait關聯(lián)和連鎖基因發(fā)現(xiàn)和解析體系。
主要課題包括：（1）“谷-豆”國際基因組聯(lián)盟計劃（http://www.g3rp.com/）下的禾本科作物和豆科豆類比較基因組和群體基因組；（2）結瘤生物固氮分支N2-fixing Root Nodule Symbiosis祖先新性狀起源與多樣性演化的基因表達表觀調控機制；（3）C4高光合大規(guī)模比較進化基因組學，及其起源和平行演化的分子機制。并陸續(xù)開展基因組大數(shù)據(jù)指導下的、圍繞地方適應性、氮/碳藕聯(lián)和高效等方面的作物新品種選育、培育等分子育種及應用工作。團隊先后參與完成了多個重大項目，相關研究成果以第一或通訊作者(含共同)發(fā)表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等雜志10篇，共發(fā)表SCI論文40余篇，他引10000余次。多篇文章被F1000重點推薦，多次主持國際學術研討會并作報告。目前擁有團隊成員15名，主要來自計算機科學、基因組學、生物信息學、植物分子生物學、進化與群體遺傳學等多個學科。
二、招聘需求
1. 植物進化基因組、多組學和群體遺傳信息大數(shù)據(jù)分析科研助理3名；
2. 生物信息學算法開發(fā)博士后1名；
3. 生物信息學算法開發(fā)工程師1名；
4．田間育種專員2名。
研究工作包括：
1．生信分析或算法/工具開發(fā)
（1）基因組功能元件、序列模型預測深度學習算法、流程開發(fā)；
（2）植物大規(guī)模系統(tǒng)比較進化基因組學方法構建；
（3）開發(fā)群體遺傳學單倍型多樣性挖掘及基因發(fā)現(xiàn)新方法；
（4）開發(fā)群體基因組大的結構性變異(pan-sv)、泛基因(pan-genome)、以及基于變異矩陣的全基因組關聯(lián)分析（GWAS）方法；
（5）利用深度學習等算法整合基因大數(shù)據(jù)，開發(fā)表征量化可視化方法，開發(fā)數(shù)據(jù)庫，建設網站在線分析工具。
2．田間育種專員
（1）作物田間實驗設計、規(guī)劃和管理；
（2）作物表型鑒定、組織/核酸/材料提取等樣本文庫制備。
三、申請條件
1. 科研助理
（1）985/211本科畢業(yè)，生物信息學或計算機專業(yè)；
（2）熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語言中的兩種；
（3）有相關計算機、生物信息工作經驗或以第一作者發(fā)表文章者優(yōu)先。
2. 博士后
（1）博士學位，數(shù)學、計算機科學、數(shù)理統(tǒng)計、生物信息學、物理學、基因組學等相關專業(yè)；熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語言中的兩種；
（2）勤于思考，能獨立開展課題研究，學術態(tài)度嚴謹，善于團隊合作；
（3）良好的溝通能力和中英文科技寫作能力；
（4）不超過35周歲，近3年在國際學術刊物以第一作者發(fā)表過或即將發(fā)表SCI論文。
3. 田間育種專員
（1）碩士及以上學歷，育種相關專業(yè)，具有作物（小麥優(yōu)先）育種相關的理論知識；
（2）1年以上從事作物育種的工作經驗，如作物品種的選育；
（3）具有一定的計算機運用能力，能獨立完成相關數(shù)據(jù)收集、錄入和分析；
（4）工作認真，有責任感，執(zhí)行力強，工作效率高；良好的溝通能力和團隊協(xié)作能力；
（5）英語寫作和口語優(yōu)秀者，優(yōu)先考慮。
四、申請方式
申請者請將個人簡歷（包含教育經歷、研究經歷、論文發(fā)表）、代表作和研究意向以電子郵件形式發(fā)送至：chengshifeng@caas.cn，郵件主題和材料壓縮文件請注明“姓名+申請職位名稱 ”。我們會仔細分析并保密所有申請資料，并在收到申請的一個月內與初審合格者電話或E-mail聯(lián)系，安排面試；資格審查未通過者，不再另行告知。
五、工作地點
深圳。
六、待遇
1.博士后
在站期間享受深圳市和大鵬新區(qū)的在站博士后生活補貼，共計稅后60萬元。
按照研究所的相關規(guī)定提供博士后的工資、五險一金和績效待遇。
博士后人員進站后，可選擇落戶深圳市，其配偶及未成年子女可辦理隨遷入戶，并且享受深圳市和大鵬新區(qū)的新引進人才生活補貼，共計稅后6萬元。
博士后在站期間鼓勵申報中國博士后基金、國家自然科學青年基金，項目結題且出站后留深工作的可認定為深圳市后備級高層次人才，獎勵160萬，若在大鵬新區(qū)工作，另有1:1配套補貼。
2.科研助理、田間育種專員
薪資待遇面議，相關社會保險及公積金按照深圳市有關規(guī)定執(zhí)行。
七、程時鋒代表性論文
1. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.
2. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S†. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis[J]. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.
3. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.
4. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.
5. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.
6. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.
7. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).
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