上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院俞章盛團(tuán)隊(duì)在肝癌風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)研究方面取得新進(jìn)展。研究基于發(fā)現(xiàn)的13個(gè)與肝癌生存顯著相關(guān)的信號(hào)通路，構(gòu)建了肝癌風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型，在異質(zhì)性較高的肝癌的多個(gè)數(shù)據(jù)集中取得了較高的預(yù)測(cè)精度，并與新近發(fā)表的基于深度學(xué)習(xí)框架的預(yù)測(cè)模型進(jìn)行了多方面比較，表明了基于信號(hào)通路水平特征的模型在預(yù)測(cè)腫瘤風(fēng)險(xiǎn)方面具有優(yōu)勢(shì)。該成果近日發(fā)表在EBio Medicine上。
肝癌是一種發(fā)病率和致死率雙高的腫瘤類型，多年來(lái)在全球流行病學(xué)統(tǒng)計(jì)中呈上升趨勢(shì)。大多數(shù)腫瘤類型研究慣常的分析方法是通過(guò)臨床或者高通量數(shù)據(jù)對(duì)腫瘤患者進(jìn)行分類，從而對(duì)不同臨床風(fēng)險(xiǎn)類型采取更加個(gè)性化的治療方法。
研究人員采用了同樣的肝癌數(shù)據(jù)集，并通過(guò)表達(dá)數(shù)據(jù)提取對(duì)噪聲更不敏感的信號(hào)通路水平的PDS作為特征，來(lái)提高預(yù)測(cè)的精度與穩(wěn)定性。他們首先從3個(gè)較大的肝癌數(shù)據(jù)集中分別計(jì)算PDS，并篩選與肝癌生存風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)的信號(hào)通路，進(jìn)一步探究信號(hào)通路之間的影響后，得到13個(gè)與肝癌生存顯著相關(guān)的通路。基于這些特征，研究團(tuán)隊(duì)采用與深度學(xué)習(xí)研究同樣的統(tǒng)計(jì)模型，實(shí)現(xiàn)了對(duì)肝癌風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)性能的提升，并發(fā)現(xiàn)了多個(gè)與肝癌生存風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的生物標(biāo)志物。
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